Win32ではPostQuitMessage()を呼んだあとGetMessage()がFALSEを返すまでの間はメッセージボックスが表示できないようだ。

解決法１：
以下の行を削除する。MFCはm_pMainWndが閉じられたときPostQuitMessage()を呼ぶのであらかじめセットしなければ呼ばれない。

解決法２：
ダイアログを閉じた後メッセージループを回してキューを空にする。

PumpMessageはGetMessageがFALSEだとFALSEを返す。通常１回しか呼ばれないはず。この後ならメッセージボックスを表示できる。