デフォルトのブラウザの設定の方法は色々あるみたいでアプリによってどこを見るのかが違うようです。

1、httpプロトコルハンドラを見る場合

gconf-editorを起動して、/desktop/gnome/url-handlers/http/commandの値を”firefox %s”などに設定する。

2、デフォルトのブラウザを設定を見る場合

gconf-editorで/desktop/gnome/applications/browser/execの値を”firefox”などに設定する。

3、x-www-browserを見る場合

以下のようにupdate-alternativesやgalternativeなどで設定を変える。